MCSS 是一种基于片段的分子对接技术，采用此方法，分子片段先被随机放置在结合位点中，然后程序采用CHARMm对这些随机片段行能量优化以找到最适的片段位置。 片段采用独立的 MCSS_Score 来打分和排序除了可以分析配体与靶标结构结合位点的特性。还可以通过片段搜索预测新的结构基团。

        分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是分子模拟中最常用的方法之一。该方法基于分子力场，能够动态的描述分子的运动状况，继而描述生命的动态过程。分子动力学在生命科学领域中的应用非常广泛，如蛋白质折叠的机理研究、酶催化反应的机理研究、与功能相关蛋白质的运动研究、生物大分子大范围构象变化的研究等等。近几十年来，分子动力学方法已经成功的运用于大分子体系低能量构象的模建、X 射线晶体衍射以及 NMR 实验结果的处理。 现在分子动力学方法已经成了理论生物学研究中必不可少的方法之一。

        药物筛选（drug screening）、药物设计（drug design）、药物合成（drug synthesis）、评价制剂（drug formulation/Biopharmaceutics）和中草药研究（TCM herbs research） ADMET 描述符可以有助于及早排除 ADMET 性质不好的化合物，从而避免后期耗资巨大的结构改造，同时也可以评价结构优化的效果，是否确实改善了 ADMET 属性，从而避免合成所支出的过多资源。ADME是药物代谢动力学（Pharmacokinetics,PK）的研究内容。